首先，必须承认转基因水稻非法种植中存在的法律事实。
BT63转基因水稻是由华中农业大学1999年研制成功并享有专利的转基因抗虫水稻，于2009年获得农业部颁发的转基因生物安全证书。但是按照我国《种子法》规定，转基因作物需要取得品种审定证书、生产许可证和经营许可证，才能进入商业化种植。目前，BT63转基因水稻还未获得商业化生产许可证书，因此不能合法生产制种，也就不能合法种植。
基于此，消费者对流入市场的转基因或非转基因产品所享有的知情权和自主选择权则在法律层面上难以兑现。按照卫生部《转基因食品卫生管理办法》的规定（食品伙伴网注：该卫生管理办法已被废止），含有转基因成分的食品必须在包装上标明“转基因标识”。但因为商业化种植和进口转基因水稻非法，理论上市场上出现的转基因大米本身非法，生产商和销售商也不会标注转基因产品，消费者难以知悉其购买的大米是否含有转基因成分；而即使事后监管发现，也因为没有标识，而无法有效追溯来源。
同时，因为存在非法种植的事实，我国米制品企业将面对新的贸易风险。国内大米生产加工企业一般规模较小，就近收购米源，没有自己的生产基地和稳定的供应链，且欠缺转基因产品检测技术和检测方法，很容易在不知情的情形下收购农民非法种植的转基因大米，导致转基因大米与非转基因大米混杂。这不仅增加了对内贸易的风险，在对外出口时，也容易因为检测出含转基因成分而遭遇退货。
对于监管机构而言，目前被动监管的模式使非法种植事件难以及时得到查处。转基因水稻种子销售隐蔽，调查取证难。此次事件发生后，湖北省农业厅立即展开调查，包括追查转基因稻种的源头、去向和种植情况，但这种被动监管不能从根本上解决非法种植转基因水稻的问题。
转基因水稻非法种植现象屡禁不绝，主要是我国主要农作物品种审定制度制约转基因作物产业化。品种审定制度实际是政府对种子市场干预的一项措施，其发展到现在，与种子产业市场化发展方向存在诸多相悖之处。对转基因种子市场干预尤其明显，而农民有获取转基因水稻种子的强烈需求，导致农民、消费者、出口企业、监管机构以及科研机构都处于十分尴尬的地位：农作物品种审定制度限制农民对种子的自由选择是直接原因。部分人对转基因大米作为食品的安全性的怀疑，通过媒体放大后导致政府放慢品种审定步伐是间接原因。
但是政府在转基因作物产业化中究竟要扮演什么角色？在转基因种子市场监管中是加强调控包办功能，还是放开市场，抑或是适度监管，这都是关乎未来政府职能转变、种子产业发展以及解决“三农”问题出路的大问题。我国虽然建立了比较完善的转基因生物安全管理体系，但很多都不具有可操作性，如我国转基因食品强制标识制度，并未规定标识转基因成分具体阈值。而针对我国大米及米制品出口因为含有转基因成分被要求退回，政府在加强国内产品监管同时，也应积极同欧盟就中欧国际贸易进行谈判，要求设定合理检测标准，如学习美国与欧盟谈判建立低含量混杂标准（LLP）。面向国内企业，可以建立转基因安全预警机制，有利保障我国出口企业利益。
同时，政府在转基因生物安全监管方面，对公众的参与重视不够。迄今没有建立完善的预案过程参与机制和对政府监管职责、企业是否遵守法律法规、转基因生物技术产品研发生产销售及售后处理全过程参与机制。需知农民和消费者均是转基因作物的利益主体，在关注普通消费者对转基因食品决策参与权时，政府容易忽略农民作为转基因初级产品的生产者同时也是转基因种子的消费者的参与权。
巴西现在是世界上最大的大豆生产国和出口国，但是巴西政府早先对转基因作物种植的态度却并不积极。最开始，虽然政府不允许种植转基因大豆，但转基因大豆抗虫害能力强、施肥少等特点，大大降低了大豆的生产成本，巴西农户就想方设法从阿根廷走私转基因大豆种子，后来巴西南部转基因大豆非法种植情况已经相当普遍，政府就于2003年颁布临时法案部分开放对转基因大豆种植的限制。2013年，我国农业部批准进口包括巴西生产在内的3个转基因大豆品种，未来将会进口更多巴西产的转基因作物。
由此可以看出，政府对私自种植转基因作物的法律处理，将直接影响到该产业的发展和未来。不仅事关粮食安全、贸易安全，也直接关系到农产品的国际竞争力和国内种子企业的发展壮大。虽然巴西和我国目前状况不同，但其最后的法律处理却使非法种植产品贸易合法化，最终形成具有国际竞争力的产业优势。我国政府应在保证转基因生物安全的前提下，实现转基因技术的理性运用，加强对转基因水稻发展机遇的系统分析，最终形成转基因水稻产业的正常化发展。
